Le Río Urubamba au Pérou, est une rivière importante et partiellement navigable, affluente du Río Apurímac donc de l'Amazone.
Choquequirao est située à 3085 m d'altitude dans la chaîne de Salkantay, dans la province de La Convención, Région de Cuzco et surplombe la vallée du Río Apurímac.
Le Río Apurímac prend sa source sur le versant nord de la montagne et se joint à l'Ucayali qui va former avec le Marañón le fleuve Amazone dans le nord du Pérou.